Anita Nathorst, född 24 juli 1894 i Västra Eds församling, död 19 augusti 1941 i Malmö, var en svensk teolog och författare. Hon var den första kvinnliga teologie licentiaten i kyrkohistoria i Sverige. Hon har även uppmärksammats för sina kärleksförhållanden till Lydia Wahlström och Karin Boye, som kallade Nathorst för sin "andliga mor".