Frederik III föddes år 1609 som son till Christian IV av Huset Oldenburg och Anna Katarina av Brandenburg. Som ung ställdes han i spetsen för flera kyrkliga och världsliga ämbeten, bland annat som ärkebiskop av Bremen, vilket tidigt gav honom insikt i europeisk maktpolitik. Hans tidigaste år präglades av faderns storslagna men kostsamma krigståg som försvagade det danska riket.

När Frederik III besteg den danska tronen år 1648 skedde det under svåra omständigheter. Landet hade nyligen lidit stora territoriella förluster mot Karl X Gustav och Sverige i Torsstengerskriget och efterföljande konflikter. Adeln hade ett starkt grepp om makten genom riksrådet, och kungens handlingsfrihet var kraftigt begränsad av handfästningen han tvingats underteckna vid sin kröning.

Relationen till Sverige förblev spänd och kulminerade i de förödande krigen åren 1657 till 1660. Under belägringen av Köpenhamn visade Frederik III och drottning Sophie Amalie av Braunschweig-Lüneburg prov på stor ståndaktighet. Vägrat att fly räddade huvudstaden och stärkte kungens ställning hos borgerskapet och militären, som tröttnat på adelns oförmåga att försvara riket.

Kombinationen av nationell kris och växande folkligt missnöje med adelns skatteprivilegier utnyttjades skickligt av kungen. Vid ständerrikets möte i Köpenhamn år 1660 genomfördes en oblodig statsvälvning. Adeln tvingades avsäga sig sin makt, och monarkin omvandlades från ett valrike till ett arvrike med oinskränkt makt.

År 1665 stadfästes denna nya ordning genom Kongeloven, Europas mest utpräglade konstitutionella absolutism, även om lagen hemlighölls i flera decennier. Under resten av sin regeringstid ägnade Frederik III sig åt att befästa den kungliga förvaltningen, stärka merkantilismen och utveckla kulturen.

Kungen var även en hängiven boksamlare och grundade stommen till det som senare skulle bli Det Kongelige Bibliotek i Köpenhamn. Hans intresse för vetenskap, konst och teologi präglade det kungliga hovet, som drog till sig utländska lärde och konstnärer i syfte att höja den danska monarkins status.

Frederik III avled år 1670 i Köpenhamn och efterlämnade ett rike som styrdes med fast hand av den nya kungadynastin. Hans son och efterträdare blev Christian V, som ärvde det befästa enväldet.