Hertig Karl föddes som son till Gustav Vasa och Katarina Stenbock inom Wasaätten. Efter faderns död och under bröderna Erik XIV och Johan III tid vid makt dök Karl upp som en skicklig och maktmedveten politiker med stark förankring i hertigdömet Södermanland, Närke och Värmland.

Under sin tid som hertig byggde han upp en maktbas och framträdde som försvarare av den evangelisk-lutherska tro som formulerats vid Uppsala möte. Detta gjorde honom till en centralgestalt för motståndet mot katolska tendenser hos sin brorson Sigismund, som var både svensk kung och polsk konung.

Konflikten med Sigismund ledde till ett öppet inbördeskrig där Karl segrade vid slaget vid Stångebro. Segern ledde till att Sveriges riksdag avsatte Sigismund, och efter en period som riksföreståndare lät Karl kröna sig till kung Karl IX år 1604.

Som monark förde Karl en hårdhänt inrikespolitik mot adliga motståndare, vilket bland annat tog sig uttryck i Linköpings blodbad. Hans utrikespolitik präglades av konflikter med Polen, Ryssland och Danmark, där kriget mot Danmark under hans sista levnadsår blev särskilt betungande.

Karl IX grundade flera städer, däribland Mariestad, Karlstad och Göteborg, för att stärka handel och försvar. Hans insatser lade grunden för den militära effektivisering som hans son Gustav II Adolf senare skulle bygga vidare på under Stormaktstid.